CLC Genomics Workbench 26.0.1 پلتفرم بیوانفورماتیک

CLC Genomics Workbench پلتفرم تخصصی بیوانفورماتیک برای تحلیل جامع داده های NGS در ژنومیک، ترنسکریپتومیک و مطالعات مولکولی سطح بالا است. این نرم افزار برای پردازش داده های حاصل از Illumina، Oxford Nanopore، PacBio و سایر فناوری های توالی یابی نسل جدید طراحی شده و محیطی یکپارچه برای تمامی مراحل از QC تا تفسیر نتایج ارائه می دهد.

نسخه های جدید این نرم افزار با هسته محاسباتی بهینه سازی شده، توانایی پردازش حجم بسیار بالای داده های RNA-seq، WGS، WES، ChIP-seq و miRNA-seq را با سرعت و دقت بیشتر فراهم می کند و انواع ابزارهای آماری، فیلتری و تطبیقی را برای تحلیل ساختاری و عملکردی ژنوم در اختیار پژوهشگران قرار می دهد.

CLC Genomics Workbench علاوه بر پشتیبانی از الگوریتم های همترازی پیشرفته، ماژول های تخصصی برای واریانت کالینگ، آنالیز CNV، شناسایی جهش های نادر، مرور تعاملی ژنوم و تجسم سه بعدی داده های اومیکس ارائه می کند. این نرم افزار با امکان اتصال به پایگاه های داده ژنومی، خروجی های استاندارد، Pipeline های خودکار و یکپارچگی با سرورهای محاسباتی، به ابزاری قدرتمند برای مراکز تحقیقاتی، آزمایشگاه های مولکولی، بیوتکنولوژی و پروژه های گسترده ژنومی تبدیل ش

قابلیت‌های نرم افزار CLC Genomics Workbench

• تحلیل جامع داده های توالی یابی | Integrated NGS Data Analysis
  پشتیبانی کامل از داده های Illumina، Nanopore و PacBio همراه با ابزارهای QC، تریم، همترازی و تفسیر.
• واریانت کالینگ پیشرفته | Advanced Variant Calling
  تشخیص SNP، InDel، SV و CNV با الگوریتم های دقیق و فیلترهای تخصصی برای مطالعات ژنتیک پزشکی و تحقیقاتی.
• تحلیل ترنسکریپتوم و بیان ژن | Transcriptomics and Gene Expression Analysis
  پشتیبانی از RNA-seq، دفرانسیل اکسپرشن، آنوتیشن ژنی و ساخت شبکه های بیانی.
• همترازی چند سطحی | Multi-Layer Read Alignment
  همترازی دقیق ریدها به ژنوم مرجع با استفاده از الگوریتم های بهینه برای داده های کوتاه و بلند.
• آنالیز متاژنوم | Metagenomics Analysis
  تشخیص گونه ها، پروفایلینگ میکروبی و تحلیل تنوع زیستی در نمونه های محیطی و کلینیکی.
• بازسازی ژنوم | De Novo Assembly
  سرهم بندی ژنوم های جدید در پروژه های تحقیقاتی و گونه های ناشناخته.
• تجسم پیشرفته داده | Advanced Data Visualization
  نمایش ژنومی، Heatmap، Cluster analysis و Visualization سه بعدی داده های اومیکس.
• مدیریت پایپ لاین خودکار | Automated Workflow Management
  ایجاد و اجرای پایپ لاین های سفارشی برای پردازش حجم بالا بدون دخالت دستی.
• اتصال به پایگاه های داده | Database Integration
  اتصال مستقیم به پایگاه های ژنومی مانند Ensembl و NCBI برای آنوتیشن و مقایسه ژنتیکی.
• گزارش دهی پیشرفته | Professional Reporting
  تولید گزارش های استاندارد قابل ارائه در پروژه های تحقیقاتی، کلینیکی و صنعتی.

تفاوت اصلی بین CLC Main Workbench و CLC Genomics Workbench

حوزه کاری و سطح تحلیل:

CLC Main Workbench
برای تحلیل های عمومی بیوانفورماتیک طراحی شده است. بیشتر مناسب پروژه هایی است که دامنه داده کم یا متوسط دارند، مثل توالی یابی‌های کوچک، طراحی پرایمر، تحلیل مولکولی پایه، و کارهای روزمره آزمایشگاهی.

CLC Genomics Workbench
برای تحلیل های ژنومیک در مقیاس بزرگ ساخته شده است. این نرم افزار مخصوص داده های نسل جدید توالی یابی (NGS) است، مثل RNA-Seq، Whole Genome Sequencing، Variant Calling، متاژنومیک و مواردی که حجم داده بسیار بالا است.

نوع داده و بار محاسباتی:

Main Workbench
با داده‌های کوچک Sanger یا نمونه های محدود NGS هم کار میکند، اما برای پردازش های سنگین بهینه نشده است.

Genomics Workbench
برای داده های حجیم از پلتفرم هایی مثل Illumina، Oxford Nanopore، PacBio و … طراحی شده و موتور محاسباتی بهینه تری دارد.

ابزارهای تحلیلی:

Main Workbench

• طراحی پرایمر

• آنالیز پروتئین

• هم‌ترازی توالی ها

• مدیریت پایگاه داده و annotation سبک

• شبیه سازی cloning

• کارهای معمول محققین مولکولی

Genomics Workbench

• لوله های RNA-Seq

• ChIP-Seq

• Variant Calling پیشرفته و فیلترینگ

• تجزیه و تحلیل Whole Exome و Whole Genome

• متاژنومیک و Taxonomic profiling

• Assembly پیشرفته

• ترکیب داده های چند Omics

سطح کاربر هدف:

Main Workbench
مناسب آزمایشگاه های کوچک، دانشجویان، محققین مولکولی، و محیط های آموزشی.

Genomics Workbench
مناسب بیوانفورماتیسین ها، مراکز توالی یابی، پروژه های صنعتی، آزمایشگاه‌های کلینیکال و محاسبات NGS.

کاربردهای تخصصی

• ژنتیک پزشکی
  تحلیل ژنوم کامل و اگزوم برای شناسایی جهش های بیماری زا در مطالعات تشخیص زودهنگام و پژوهش های کلینیکی.
• بیوتکنولوژی و فارماکوژنتیک
  تحلیل بیان ژنی، مسیرهای مولکولی و شناسایی اهداف دارویی برای توسعه داروهای جدید.
• میکروبیولوژی مولکولی
  پروفایلینگ میکروبی و متاژنومیک برای مطالعات عفونت، میکروبیوم و مقاومت دارویی.
• تحقیقات ژنومی کشاورزی
  تحلیل ژنوم گیاهان، شناسایی واریته ها و بررسی ژن های مقاومت در اصلاح نژاد کشاورزی.
• پروژه های محیط زیست و اکولوژی مولکولی
  تحلیل تنوع زیستی، شناسایی گونه های نادر و بررسی تغییرات اکولوژیک بر اساس داده های NGS.