نرم افزار ICM-Pro 3.9 2023 محاسبات داکینگ ساختار پروتئینی

36 بازدید

نرم افزار ICM-Pro محصول MolSoft یک محیط نرم‌افزاری محاسباتی برای مدل‌سازی، داکینگ ساختار پروتئینی و دارو شیمیایی با کیفیت بالا است. این نرم افزار به بیولوژیست‌ها و شیمی‌دان‌ها توانایی دسترسی مستقیم به پایگاه داده‌های توالی و ساختاری را فراهم می‌کند. این ابزار امکانات متنوعی از جمله تحلیل ساختار پروتئین، مدل‌سازی تعاملات لیگاندی، مطالعه جیب‌ها و لیگاندها و داروها، ایجاد سطوح، محاسبه الکترواستاتیک، پیش‌بینی سایت‌های اتصال لیگاند، پیش‌بینی سایت‌های تعامل پروتئین-پروتئین، داکینگ مولکول‌های کوچک و پروتئین-پروتئین، و طراحی لیگاندها را فراهم می‌کند.

MolSoft ICM-Pro یک مجموعه ابزار قدرتمند است که تمام دوره‌های طراحی دارو را از مدل‌سازی هومولوژی پروتئین هدف تا اسکرینینگ مجازی، داکینگ لیگاند قابل انعطاف و امتیازدهی پوشش می‌دهد. این نرم‌افزار به زیست‌شناسان و شیمی‌دانان امکان تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین با کیفیت بالا، مدل‌سازی و داکینگ را فراهم می‌کند. از طریق آن، شما به پایگاه‌های داده توالی و ساختاری دسترسی مستقیم دارید و می‌توانید توالی‌ها و تطابق‌ها را تجزیه و تحلیل کنید، ساختار پروتئین را بررسی کنید، جیب‌ها و لیگاندها و داروها را مورد مطالعه قرار دهید، سطوح را ایجاد کنید، الکترواستاتیک‌ها را محاسبه کنید، جایگاه‌های اتصال لیگاند را پیش‌بینی کنید، تعاملات پروتئین-پروتئین را پیش‌بینی کنید، داکینگ مولکول‌های کوچک و پروتئین-پروتئین را انجام دهید و لیگاندها را با استفاده از ویرایشگر تعاملی لیگاند طراحی کنید.

از ویژگی‌های نرم‌افزار ICM-Pro می‌توان به تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین ICM-Pro اشاره کرد. ارتباط مستقیمی با پایگاه داده پروتئین (PDB) دارد. با دانلود یک ساختار، می‌توانید ساختار را تجزیه و تحلیل کنید، نمودارهای Ramachandran را ایجاد کنید، ساختارهای چندگانه را هم‌نشان کنید، فواصل و زوایا را تجزیه و تحلیل کنید، مساحت‌های تماس و سطحی را محاسبه کنید، پیوندهای هیدروژنی را نمایش دهید، سطوح الکترواستاتیکی را ایجاد کنید و جیب‌های اتصال لیگاند را محاسبه کنید.

ICM Pocket Finder این روش جیب‌های اتصال لیگاند در هر ساختار پروتئین، DNA یا RNA را شناسایی می‌کند. جایگاه‌های اتصال پروتئین-لیگاند بر اساس نقشه پتانسیل شبکه تعامل ون در واکنش‌گر شناسایی می‌شوند و سطوح محاسباتی آن‌ها محاسبه می‌شود.

قابلیت‌های ICM-Pro

ویژگی‌های مهم نرم‌افزار ICM-Pro عبارتند از:

  • تحلیل ساختار پروتئین: امکان دسترسی مستقیم به پایگاه داده Protein Data Bank (PDB) و تحلیل ساختار پروتئین‌ها از جمله ایجاد نمودارهای Ramachandran، ترکیب چندین ساختار، محاسبه فواصل و زوایا، محاسبه سطح تماس و سطوح، نمایش پیوندهای هیدروژنی، ایجاد سطوح الکترواستاتیک و محاسبه جیب‌های اتصال لیگاند.
  • ICM Pocket Finder: این ابزار جیب‌های اتصال لیگاند در هر ساختار پروتئین، DNA یا RNA را شناسایی می‌کند و امکان محاسبه ویژگی‌های فیزیکی جیب‌ها و ارزیابی امتیاز شباهت با داروها را فراهم می‌کند.
  • ICM 3D Interactive Editor: این ویرایشگر تعاملی به کاربر امکان می‌دهد تا مولکول‌های شیمیایی را داخل جیب پروتئین ویرایش کرده و تأثیر تغییرات بر انرژی و امتیاز اتصال لیگاند را ببیند.
  • ابزارهای تحلیلی بلورنگاری: این ابزارها به کاربر امکان مطالعه جزئیات بلورنگاری پروتئین را می‌دهد، از جمله تعیین واحد بیولوژیکی کامل یک پروتئین و تجزیه و تحلیل چگالی الکترون برای درک بهتر ساختار.
  • داکینگ مولکول‌های کوچک: این ابزار امکان داکینگ سریع و دقیق مولکول‌های کوچک به پروتئین را فراهم می‌کند و شامل روش‌هایی برای مدل‌سازی تغییرات تحریکی در ساختار پروتئین (Induced Fit) نیز می‌شود.
  • داکینگ پروتئین-پروتئین: این ابزار الگوریتمی مؤثر برای داکینگ پروتئین-پروتئین دارد که با موفقیت در مسابقات جهانی CAPRI عمل کرده است و همچنین الگوریتمی برای پیش‌بینی سایت‌های تعامل پروتئین-پروتئین را نیز شامل می‌شود.
  • مدل‌سازی PROTAC: این ابزار به‌طور خودکار و دقیق مدل‌سازی مولکول‌های پروتئین مورد هدف (target protein) و لیگاندهای PROTAC و لیگاز را انجام می‌دهد.

 

    • پیش‌بینی ساختار پروتئین: ICM-Pro دارای رکورد خوبی در مدل‌سازی پروتئین است و قابلیت‌هایی برای بهبود ساختار پروتئین مانند تجدید یا ساختاردهی مجدد اجزای پروتئین، تعادل انرژی، و شبیه‌سازی تاشوپشت‌های کوچک نیز دارد.
    • پیش‌بینی اثر متحولات: این ابزار امکان پیش‌بینی اثر متحولات بر پایداری پروتئین و اتصال پروتئین-پروتئین، پروتئین-پپتید، و پروتئین-لیگاند را فراهم می‌کند.
    • ابزارهای بیوانفورماتیک: بسته ICM-Pro شامل همه ابزارهای بیوانفورماتیک ICM-Bio است که امکان جستجو در پایگاه داده‌های توالی با الگوریتم‌های تطبیق توالی جفتی و چندتایی با کیفیت بالا و انجام جستجوهای الگو، prosite و profile را فراهم می‌کند.
    • الکترواستاتیک: این ابزار قادر به حل معادله پواسون برای مولکول‌هایی با هر اندازه‌ای است و پتانسیل الکترواستاتیک دقیق یک مولکول را با استفاده از الگوریتم مرز المانی محاسبه می‌کند.
    • ابزارهای شیمی: مجموعه‌ای متنوع از ابزارهای شیمی که شامل ویرایشگر مولکولی ICM و نمایش در صفحه‌کار شیمیایی می‌شود.
    • گرافیک مولکولی: ICM-Pro حاوی تمام ابزارهای گرافیکی ICM-Browser-Pro است که شامل تنظیم نمایش مولکول‌ها به صورت سیم، CPK، خط و گره، ریبون، سطح دسترسی، سطح مولکولی شفاف، ویژگی‌های سه بعدی، نمایش روبرویی و سه‌بعدی، و استریوآناگلیف است.

 

برای مشاهده اطلاعات کامل نرم افزار ICM-Pro جهت محاسبات داکینگ ساختار پروتئینی اینجا مراجعه کنید.
در ادامه عکس هایی از محیط نرم افزار ICM-Proنشان خواهیم داد.

 

 

نسخه  202. نرم افزار  MolSoft ICM-Pro به صورت کامل و بدون محدودیت موجود است.
تمامی ماژول ها و قسمت‌ها فعال می باشد و محدودیتی در استفاده از آنها وجود ندارد. همراه نرم افزار فایل آموزشی کامل به همراه مثال وجود دارد.
این نرم افزار در ویندوز  10  با معماری  64  بیتی با موفقیت نصب و تست شده است.
جهت تهیه این نرم افزار از طریق فرم تماس با ما در ارتباط باشید. 
 
Use this Button to Contact us: 
تماس Contact us

مطالب مرتبط

دیدگاهتان را بنویسید

بخش های مورد نیاز علامت گذاری شده اند

نشانی ایمیل منتشر نخواهد شد

نویسنده : آدرس سایت : ایمیل :
کد روبرو را وارد نمایید
captcha


0

شبکه های اجتماعی

دانشنامه تخصصی مهندسی ایران را در شبکه های اجتماعی دنبال کنید

0 0

همکاران ما

گروه مپنا
گروه مپنا
دانشگاه تهران
دانشگاه تهران
سایپا
سایپا
ایران خودرو
ایران خودرو
شرکت ملی نفت ایران
شرکت ملی نفت ایران
ذوب‌آهن اصفهان
ذوب‌آهن اصفهان
فولاد خوزستان
فولاد خوزستان
درخواست نرم افزار
در صورتی که نیاز به نرم افزار خاصی دارید، با ما تماس بگیرید.
    همکاران ما در سریع ترین زمان ممکن پاسخگو شما خواهند بود.