ProteinPilot 5.0.2 تحلیل و کمی سازی پروتئین ها

نرم افزار ProteinPilot محصول شرکت SCIEX یک پلتفرم تخصصی بیوانفورماتیک برای شناسایی، مشخصه یابی و کمی سازی پروتئین ها با استفاده از داده های حاصل از طیف سنجی جرمی (LC-MS/MS) است. این نرم افزار با هدف پردازش داده های پروتئومیکس، شناسایی پپتیدها، تحلیل تغییرات پس از ترجمه (PTM) و بررسی بیان نسبی پروتئین ها توسعه یافته و یکی از شناخته شده ترین نرم افزارهای حوزه Bottom-up Proteomics محسوب می شود.

ProteinPilot از الگوریتم اختصاصی Paragon برای جستجوی پایگاه های داده پروتئینی استفاده می کند؛ الگوریتمی که قادر است صدها نوع تغییر پس از ترجمه، جایگزینی اسیدهای آمینه، برش های غیرمنتظره و سایر تغییرات زیستی را به صورت همزمان بررسی کند، بدون آنکه نرخ شناسایی نادرست (False Positive) به طور قابل توجهی افزایش یابد. نتایج حاصل نیز توسط الگوریتم Pro Group پالایش شده و مجموعه ای قابل اعتماد از پروتئین های شناسایی شده ارائه می شود.

این نرم افزار علاوه بر شناسایی پروتئین، ابزارهای جامعی برای کمی سازی بیان پروتئین ها، ارزیابی کیفیت داده ها، تحلیل نرخ کشف نادرست (FDR)، بررسی پوشش توالی، نمایش طیف های جرمی و مقایسه نمونه های مختلف فراهم می کند. همچنین از روش های متداول کمی سازی مانند iTRAQ، SILAC، ICAT، mTRAQ و سایر راهکارهای برچسب گذاری ایزوتوپی پشتیبانی می کند و امکان انجام مطالعات مقایسه ای در پروژه های پروتئومیکس را فراهم می سازد.

یکی از مهم ترین مزایای ProteinPilot، استقلال نسبی آن از سخت افزار است. اگرچه این نرم افزار به طور گسترده همراه تجهیزات SCIEX استفاده می شود، اما قابلیت پردازش فایل های MGF تولید شده توسط بسیاری از سیستم های LC-MS/MS سایر تولیدکنندگان را نیز دارد. این ویژگی باعث شده ProteinPilot علاوه بر کاربران تجهیزات SCIEX، در بسیاری از مراکز تحقیقاتی و آزمایشگاه های پروتئومیکس نیز مورد استفاده قرار گیرد.

امروزه ProteinPilot در پروژه های شناسایی پروتئین، کشف نشانگرهای زیستی، تحلیل مسیرهای سلولی، بررسی تغییرات پروتئینی، تحقیقات زیست پزشکی و مطالعات علوم زیستی به عنوان یکی از ابزارهای معتبر پردازش داده های پروتئومیکس مبتنی بر طیف سنجی جرمی شناخته می شود.

قابلیت های نرم افزار ProteinPilot

• شناسایی پروتئین ها | Protein Identification
  شناسایی دقیق پروتئین ها و پپتیدها از داده های LC-MS/MS با استفاده از الگوریتم اختصاصی Paragon و جستجوی پایگاه های داده پروتئینی.
• کمی سازی بیان پروتئین | Protein Quantitation
  اندازه گیری و مقایسه میزان بیان نسبی پروتئین ها در نمونه های مختلف با پشتیبانی از روش های مختلف کمی سازی.
• تحلیل تغییرات پس از ترجمه | Post-Translational Modification Analysis
  شناسایی همزمان صدها نوع PTM شامل فسفریلاسیون، اکسیداسیون، دآمیداسیون، استیلاسیون و سایر تغییرات زیستی.
• گروه بندی پروتئین ها | Protein Group Analysis
  استفاده از الگوریتم Pro Group برای حذف نتایج تکراری، تفکیک ایزوفرم ها و افزایش اطمینان در شناسایی پروتئین ها.
• تحلیل نرخ کشف نادرست | False Discovery Rate Analysis
  محاسبه خودکار FDR با استفاده از Decoy Database و ارائه شاخص های آماری برای ارزیابی کیفیت نتایج.
• بررسی پوشش توالی | Sequence Coverage Analysis
  نمایش میزان پوشش توالی پروتئین ها، محل پپتیدهای شناسایی شده و تحلیل ساختار توالی.
• پشتیبانی از روش های کمی سازی مختلف | Multiplex Quantitation Support
  پشتیبانی از iTRAQ، SILAC، ICAT، mTRAQ و سایر روش های کمی سازی مورد استفاده در مطالعات پروتئومیکس.
• پردازش داده های چندسکویی | Multi-Vendor Data Processing
  امکان پردازش فایل های MGF تولید شده توسط طیف سنج های جرمی برندهای مختلف و عدم وابستگی کامل به تجهیزات SCIEX.
• نمایش و تحلیل طیف های جرمی | Mass Spectrum Visualization
  نمایش طیف های MS/MS، بررسی کیفیت شناسایی، مشاهده پپتیدها و تحلیل تعاملی داده های پروتئومیکس.
• گزارش گیری و خروجی نتایج | Reporting and Data Export
  تولید گزارش های تحلیلی، خروجی نتایج شناسایی و کمی سازی و امکان استفاده از داده ها در نرم افزارهای دیگر.

کاربردهای تخصصی در صنایع

• شرکت های داروسازی و زیست فناوری
  به منظور شناسایی پروتئین های هدف، ارزیابی تغییرات بیان پروتئین، توسعه داروهای زیستی و تحلیل کیفیت فرآورده های پروتئینی.
• آزمایشگاه های پروتئومیکس
  به منظور شناسایی پروتئین ها، تحلیل پپتیدها، بررسی تغییرات پس از ترجمه و انجام مطالعات مقایسه ای پروتئومیکس.
• مراکز تحقیقاتی علوم زیستی
  به منظور مطالعه مسیرهای مولکولی، بررسی مکانیسم بیماری ها، کشف نشانگرهای زیستی و تحلیل عملکرد پروتئین ها در نمونه های زیستی.
• صنایع غذایی و ایمنی زیستی
  به منظور شناسایی پروتئین های آلرژن، ارزیابی ترکیب پروتئینی محصولات غذایی و کنترل کیفیت فرآورده های زیستی.

✅ بیشتر بخوانید: LipidSearch تحلیل داده های لیپیدومیکس

برای مشاهده اطلاعات کامل نرم افزار ProteinPilot به منظور تحلیل و کمی سازی پروتئین ها به اینجا مراجعه کنید.