ProteoScape 2026b تحلیل داده‌های پروتئومیکس و طیف‌سنجی جرمی

نرم افزار ProteoScape محصول شرکت Bruker یک پلتفرم پیشرفته برای پردازش، شناسایی، تحلیل و تفسیر داده های پروتئومیکس (Proteomics) حاصل از دستگاه های LC-MS/MS و سامانه های timsTOF است. این نرم افزار با بهره گیری از پردازش موازی مبتنی بر GPU و جستجوی بلادرنگ در پایگاه های داده، نتایج شناسایی پروتئین ها و پپتیدها را هم زمان با پایان هر آنالیز در اختیار پژوهشگران قرار می دهد. ProteoScape با حذف گلوگاه های پردازش داده، سرعت تحلیل آزمایش های پروتئومیکس را به طور چشمگیری افزایش داده و بهره وری تجهیزات طیف سنجی جرمی را بهبود می بخشد.

این نرم افزار به طور اختصاصی برای گردش کار پروتئومیکس پایین به بالا (Bottom-up Proteomics) توسعه یافته و از داده های حاصل از فناوری 4D-Proteomics شامل نسبت جرم به بار (m/z)، زمان بازداری، شدت سیگنال و سطح مقطع برخورد یونی (Collision Cross Section – CCS) پشتیبانی می کند. ProteoScape با استفاده از الگوریتم های پیشرفته جستجو و امتیازدهی، امکان شناسایی دقیق پروتئین ها، پپتیدها و تغییرات پس از ترجمه پروتئین ها (PTMs) را فراهم کرده و کیفیت نتایج را افزایش می دهد.

یکی از مهم ترین قابلیت های ProteoScape، انجام جستجوی بلادرنگ در پایگاه داده (Real-Time Database Search) و مدیریت هوشمند فرآیند نمونه برداری است. نرم افزار هم زمان با جمع آوری داده ها، کیفیت نتایج را ارزیابی کرده و اطلاعات لازم را برای تصمیم گیری درباره ادامه توالی نمونه ها، وضعیت دستگاه و کیفیت آزمایش در اختیار کاربر قرار می دهد. این قابلیت علاوه بر کاهش زمان تحلیل، از هدر رفت نمونه های ارزشمند و زمان دستگاه جلوگیری می کند. همچنین ProteoScape از گردش کار dia-PASEF، پردازش بدون کتابخانه (Library-Free) و تحلیل کمی پروتئومیکس نیز پشتیبانی می کند.

ProteoScape در آزمایشگاه های پروتئومیکس، مراکز تحقیقات زیست پزشکی، مطالعات زیست شناسی مولکولی، کشف نشانگرهای زیستی، تحقیقات دارویی و مراکز علوم زیستی به عنوان یکی از مهم ترین نرم افزارهای پردازش داده های طیف سنجی جرمی مورد استفاده قرار می گیرد. این نرم افزار با کاهش زمان پردازش، افزایش تعداد شناسایی ها و بهبود کیفیت تحلیل، نقش مهمی در پروژه های پیشرفته پروتئومیکس ایفا می کند.

قابلیت‌های نرم افزار ProteoScape

• جستجوی بلادرنگ پایگاه داده | Real-Time Database Search
  هم زمان با پایان هر آنالیز، پروتئین ها و پپتیدها را در پایگاه های داده جستجو و شناسایی می کند.
• پردازش مبتنی بر پردازنده گرافیکی | GPU-Accelerated Processing
  با استفاده از پردازش موازی مبتنی بر GPU، زمان تحلیل داده های حجیم پروتئومیکس را به میزان قابل توجهی کاهش می دهد.
• تحلیل داده های 4D-Proteomics | 4D-Proteomics Analysis
  داده های دارای اطلاعات CCS را پردازش کرده و دقت شناسایی پروتئین ها و پپتیدها را افزایش می دهد.
• شناسایی تغییرات پس از ترجمه پروتئین | PTM Analysis
  فسفریلاسیون و سایر تغییرات پس از ترجمه پروتئین ها را با دقت بالا شناسایی و تحلیل می کند.
• تحلیل داده های dia-PASEF | dia-PASEF Processing
  گردش کارهای dia-PASEF را برای مطالعات کمی و شناسایی پروتئین ها پردازش و تحلیل می کند.
• تحلیل بدون کتابخانه | Library-Free Analysis
  امکان تحلیل داده های پروتئومیکس بدون نیاز به کتابخانه های طیفی از پیش آماده را فراهم می کند.
• کنترل کیفیت بلادرنگ | Real-Time Quality Control
  عملکرد دستگاه، کیفیت داده ها و میزان شناسایی نمونه ها را هنگام اجرای آزمایش پایش می کند.
• تحلیل کمی پروتئومیکس | Quantitative Proteomics Analysis
  مقدار نسبی یا مطلق پروتئین ها و پپتیدها را در نمونه های مختلف محاسبه و مقایسه می کند.
• مدیریت پروژه های پروتئومیکس | Proteomics Project Management
  داده های آزمایش، نتایج شناسایی و اطلاعات پروژه را در یک محیط یکپارچه سازماندهی و مدیریت می کند.
• نمایش و بررسی نتایج | Data Visualization & Review
  طیف ها، پپتیدها، پروتئین ها و نتایج جستجو را با ابزارهای گرافیکی برای بررسی دقیق نمایش می دهد.

کاربردهای تخصصی در صنایع

• آزمایشگاه های پروتئومیکس و طیف سنجی جرمی
  پردازش و تحلیل داده های حاصل از دستگاه های LC-MS/MS و timsTOF برای شناسایی پروتئین ها.
• مراکز تحقیقات زیست پزشکی
  شناسایی نشانگرهای زیستی، بررسی تغییرات بیان پروتئین ها و تحلیل مکانیسم بیماری ها.
• شرکت های داروسازی و زیست فناوری
  تحلیل پروتئین های هدف، ارزیابی اثر داروها و مطالعات کشف و توسعه دارو.
• مراکز تحقیقاتی دانشگاهی و علوم زیستی
  مطالعه عملکرد پروتئین ها، مسیرهای زیستی و تغییرات مولکولی در پروژه های پژوهشی.
• آزمایشگاه های تحقیقات بالینی و پزشکی مولکولی
  تحلیل نمونه های زیستی و شناسایی پروتئین های مرتبط با تشخیص، پیش آگهی و پایش بیماری ها.