OmicsBox 4 پلتفرم پیشرفته بیوانفورماتیک

OmicsBox پلتفرم جامع، ماژولار و تخصصی بیوانفورماتیک برای تحلیل کامل داده های امیکس شامل ژنومیک، ترنسکریپتومیک، پروتئومیکس و متاژنومیک است که امکان پردازش داده های NGS را از مرحله داده خام تا تفسیر بیولوژیکی فراهم می کند. این نرم افزار با طراحی ماژولار و محیط کاملاً کاربرپسند، مجموعه کاملی از ابزارهای تحلیل توالی، مونتاژ، آنوتیشن، بیان ژن، طبقه بندی میکروبی، و تحلیل عملکردی را در قالب یک سیستم منسجم ارائه می دهد.

OmicsBox به گونه ای توسعه یافته که استفاده از الگوریتم های پیشرفته محاسبات زیستی را برای پژوهشگران بدون نیاز به کدنویسی امکان پذیر سازد. این نرم افزار توان پردازش داده های حجیم توالی یابی نسل جدید را دارد و مناسب آزمایشگاه های مولکولی، مراکز تحقیقاتی، پروژه های گسترده ژنتیک صنعتی و مطالعات بزرگ داده ای است.

یکی از مزیت های مهم OmicsBox اتصال مستقیم به پایگاه های داده بیولوژیکی، بهینه سازی اجرای پردازش ها در محیط ابری و ارائه ابزارهای استاندارد آنوتیشن عملکردی مانند Blast, InterProScan, GO Annotation و Pathway Analysis است. این قابلیت آن را به یکی از کامل ترین و پرکاربردترین پلتفرم ها در حوزه تحلیل امیکس در دانشگاه ها، صنعت بیوتکنولوژی، علوم پزشکی و پروژه های تحقیقاتی پیشرفته تبدیل کرده است.

علاوه بر این، OmicsBox امکان ساخت Workflow های خودکار، ذخیره گزارش های استاندارد، و توسعه پروژه های چند شاخه ای را فراهم می کند و با پشتیبانی از تمام داده های Illumina، PacBio، Oxford Nanopore و سایر پلتفرم های NGS، یک ابزار کاملاً انعطاف پذیر و چندمنظوره برای تحلیل های امیکس محسوب می شود.

قابلیت‌های نرم افزار ATIR STRAP

• تحلیل جامع توالی یابی | Complete NGS Data Processing

  پردازش داده خام تا تفسیر با ابزارهای QC، فیلتر، مونتاژ، آنوتیشن و تحلیل آماری.

• نشانه گذاری عملکردی پیشرفته | Advanced Functional Annotation

  استفاده از Blast، InterProScan، GO Mapping و GO Annotation برای ارائه تفسیر عملکردی کامل.

• تحلیل بیان ژن | Gene Expression Analysis

  پشتیبانی از RNA-seq، دفرانسیل اکسپرشن، نرمال سازی و ساخت پروفایل های بیانی.

• تحلیل متاژنوم | Metagenomics Workflow

  طبقه بندی تاکسونومیک، تحلیل تنوع و شناسایی تجمعات میکروبی در نمونه های محیطی و کلینیکی.

• تحلیل مسیرها و شبکه ها | Pathway and Network Analysis

  اتصال ژن ها به مسیرهای بیولوژیکی و تحلیل نقش آن ها در فرآیندهای سلولی.

• ماژول تخصصی پروتئومیکس | Proteomics Module

  تحلیل داده های Mass Spectrometry، شناسایی پروتئین و بررسی عملکردهای پروتئینی.

• پردازش ابری | Cloud Execution Engine

  امکان اجرای Pipeline های سنگین در محیط ابری با سرعت بالا.

• مدیریت پروژه و گزارش دهی | Project Management and Reporting

  ایجاد گزارش های استاندارد، خروجی های گرافیکی و ذخیره سازی نسخه های مختلف پروژه

کاربردهای تخصصی

• پژوهش های ژنومیک پزشکی

  تحلیل واریانت ها، آنوتیشن عملکردی و استخراج نشانگرهای ژنتیکی در بیماری های پیچیده.

• بیوتکنولوژی و ژنومیک صنعتی

  تحلیل مسیرهای بیوشیمیایی، مهندسی متابولیک و توسعه سویه های صنعتی.

• مطالعات میکروبیوم

  پروفایلینگ میکروبی، تحلیل تنوع و بررسی جامعه های میکروبی در محیط، انسان و حیوان.

• کشاورزی و ژنتیک گیاهی

  تحلیل ژنوم گیاهان، شناسایی ژن های مقاومت و طراحی برنامه های اصلاح نژاد.

• تحقیقات دارویی و اکتشاف دارو

  تحلیل بیان ژنی، مسیرهای مولکولی و اهداف دارویی برای توسعه درمان های جدید.