AlleleID 7.85 طراحی پرایمر و آزمون های ژنتیکی

نرم افزار AlleleID محصول شرکت Premier Biosoft یکی از پیشرفته ترین نرم افزارهای طراحی پرایمر، پروب و آزمون های تشخیص مولکولی برای شناسایی دقیق ژن ها، جهش های ژنتیکی، عوامل بیماری زا و پلی مورفیسم های ژنتیکی (SNP) است. این نرم افزار با بهره گیری از الگوریتم های پیشرفته طراحی الیگونوکلئوتید، به پژوهشگران و متخصصان زیست شناسی مولکولی کمک می کند تا پرایمرها و پروب هایی با بالاترین اختصاصیت و کمترین احتمال واکنش متقاطع طراحی کنند. AlleleID در صنایع داروسازی، بیوتکنولوژی، تشخیص مولکولی، ژنتیک پزشکی، امنیت غذایی و آزمایشگاه های کنترل کیفیت به عنوان یکی از نرم افزارهای مرجع طراحی آزمون های مولکولی شناخته می شود.

برخلاف نرم افزارهای عمومی طراحی پرایمر، AlleleID برای توسعه آزمون های تشخیص دقیق طراحی شده است. این نرم افزار می تواند توالی هزاران ژن، ویروس، باکتری، قارچ یا سایر میکروارگانیسم ها را به صورت همزمان تحلیل کرده و نواحی اختصاصی را برای طراحی پرایمر و پروب شناسایی کند. این ویژگی باعث می شود آزمون های طراحی شده قادر باشند گونه های بسیار نزدیک، سویه های مختلف یا حتی جهش های نقطه ای را با دقت بالا از یکدیگر تفکیک کنند؛ قابلیتی که در توسعه کیت های تشخیص مولکولی و آزمایش های Real-Time PCR اهمیت بسیار زیادی دارد.

AlleleID از طراحی آزمون های PCR، Real-Time PCR (qPCR)، Multiplex PCR، RT-PCR، Digital PCR و SNP Genotyping پشتیبانی می کند و امکان طراحی انواع پروب های فلورسنت مانند TaqMan، Molecular Beacon، Scorpion و FRET را نیز فراهم می سازد. نرم افزار همزمان پارامترهایی مانند اختصاصیت توالی، دمای ذوب (Tm)، درصد GC، ساختارهای ثانویه، تشکیل Dimer، احتمال واکنش متقاطع و سایر عوامل مؤثر بر عملکرد آزمون را ارزیابی کرده و بهترین گزینه ها را پیشنهاد می دهد.

یکی از مهم ترین کاربردهای AlleleID، توسعه کیت های تشخیص بیماری های عفونی، شناسایی ویروس ها، باکتری ها، قارچ ها، انگل ها و همچنین تشخیص جهش های ژنتیکی و مطالعات ژنوتایپینگ است. علاوه بر این، نرم افزار در صنایع غذایی برای شناسایی آلودگی های میکروبی، تشخیص گونه های گیاهی و جانوری، کنترل کیفیت مواد غذایی، مطالعات کشاورزی و تحقیقات زیست فناوری نیز کاربرد گسترده ای دارد.

امروزه AlleleID در شرکت های داروسازی، تولیدکنندگان کیت های تشخیص مولکولی، آزمایشگاه های ژنتیک، مراکز تشخیص پزشکی، آزمایشگاه های کنترل کیفیت مواد غذایی، مراکز تحقیقاتی و دانشگاه ها برای توسعه آزمون های مولکولی، طراحی پرایمر و پروب، تشخیص عوامل بیماری زا، تحلیل جهش های ژنتیکی و توسعه روش های Real-Time PCR مورد استفاده قرار می گیرد و یکی از جامع ترین نرم افزارهای تخصصی Premier Biosoft در حوزه طراحی آزمون های تشخیص مولکولی محسوب می شود.

قابلیت‌های نرم افزار AlleleID

• طراحی پرایمر برای PCR و Real-Time PCR | PCR & qPCR Primer Design
  طراحی پرایمرهای اختصاصی برای انواع آزمون های PCR، qPCR، RT-PCR و Digital PCR با حداقل احتمال تکثیر غیر اختصاصی.
• طراحی پروب های تشخیص مولکولی | Molecular Probe Design
  طراحی پروب های TaqMan، Molecular Beacon، Scorpion و FRET برای آزمون های کمی و تشخیصی.
• طراحی آزمون های Multiplex PCR | Multiplex Assay Design
  طراحی همزمان چندین مجموعه پرایمر و پروب برای شناسایی چندین هدف ژنتیکی در یک واکنش.
• تشخیص SNP و ژنوتایپینگ | SNP & Genotyping Assays
  طراحی آزمون های اختصاصی برای شناسایی جهش های نقطه ای، پلی مورفیسم های ژنتیکی و مطالعات ژنوتیپ.
• شناسایی عوامل بیماری زا | Pathogen Detection Assays
  طراحی آزمون های مولکولی برای تشخیص ویروس ها، باکتری ها، قارچ ها و سایر میکروارگانیسم ها.
• تحلیل اختصاصیت توالی | Sequence Specificity Analysis
  بررسی اختصاصیت پرایمرها و پروب ها و کاهش احتمال Cross-Reactivity با توالی های مشابه.
• تحلیل ساختارهای ثانویه | Secondary Structure Analysis
  ارزیابی Hairpin، Self-Dimer، Cross-Dimer و سایر ساختارهای مؤثر بر عملکرد آزمون.
• طراحی کیت های تشخیص مولکولی | Molecular Diagnostic Kit Development
  توسعه پرایمرها و پروب های مورد نیاز برای کیت های تشخیصی پزشکی، دامپزشکی و صنایع غذایی.
• تحلیل چندتوالی | Multi-Sequence Analysis
  مقایسه همزمان تعداد زیادی توالی ژنتیکی برای یافتن نواحی اختصاصی مناسب طراحی آزمون.
• اعتبارسنجی طراحی الیگونوکلئوتیدها | Oligonucleotide Validation
  ارزیابی کیفیت طراحی و انتخاب بهترین ترکیب پرایمر و پروب پیش از انجام آزمایش.

کاربردهای تخصصی

• صنایع داروسازی و بیوتکنولوژی
  به منظور طراحی آزمون های تشخیص مولکولی، توسعه کیت های Real-Time PCR، شناسایی ژن های هدف، بررسی جهش های ژنتیکی و توسعه داروهای مبتنی بر اطلاعات ژنومی.
• آزمایشگاه های تشخیص مولکولی
  به منظور طراحی پرایمر و پروب برای تشخیص ویروس ها، باکتری ها، قارچ ها، انگل ها و سایر عوامل بیماری زا در آزمایش های PCR و qPCR.
• ژنتیک پزشکی و پزشکی شخصی
  به منظور شناسایی پلی مورفیسم های ژنتیکی (SNP)، تشخیص بیماری های ارثی، مطالعات فارماکوژنتیک، ژنوتایپینگ و طراحی آزمون های ژنتیکی.
• شرکت های تولیدکننده کیت های تشخیصی
  به منظور طراحی و اعتبارسنجی پرایمرها و پروب های اختصاصی، توسعه کیت های تشخیص بیماری های عفونی، بیماری های ژنتیکی و آزمون های غربالگری مولکولی.
• صنایع غذایی و کشاورزی
  به منظور شناسایی آلودگی های میکروبی، تشخیص گونه های گیاهی و جانوری، کنترل اصالت مواد غذایی، تشخیص GMO و توسعه آزمون های ایمنی غذایی.
• دامپزشکی و بهداشت دام
  به منظور طراحی آزمون های مولکولی برای شناسایی بیماری های ویروسی، باکتریایی و انگلی در دام، طیور و آبزیان و توسعه روش های تشخیص سریع.