نرم افزار ICM-Pro 3.9.4 2024 محاسبات داکینگ ساختار پروتئینی
- 1402/12/27
- بدون دیدگاه
نرم افزار ICM-Pro محصول MolSoft یک محیط نرمافزاری محاسباتی برای مدلسازی، داکینگ ساختار پروتئینی و دارو شیمیایی با کیفیت بالا است. این نرم افزار به بیولوژیستها و شیمیدانها توانایی دسترسی مستقیم به پایگاه دادههای توالی و ساختاری را فراهم میکند. این ابزار امکانات متنوعی از جمله تحلیل ساختار پروتئین، مدلسازی تعاملات لیگاندی، مطالعه جیبها و لیگاندها و داروها، ایجاد سطوح، محاسبه الکترواستاتیک، پیشبینی سایتهای اتصال لیگاند، پیشبینی سایتهای تعامل پروتئین-پروتئین، داکینگ مولکولهای کوچک و پروتئین-پروتئین، و طراحی لیگاندها را فراهم میکند.
MolSoft ICM-Pro یک مجموعه ابزار قدرتمند است که تمام دورههای طراحی دارو را از مدلسازی هومولوژی پروتئین هدف تا اسکرینینگ مجازی، داکینگ لیگاند قابل انعطاف و امتیازدهی پوشش میدهد. این نرمافزار به زیستشناسان و شیمیدانان امکان تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین با کیفیت بالا، مدلسازی و داکینگ را فراهم میکند. از طریق آن، شما به پایگاههای داده توالی و ساختاری دسترسی مستقیم دارید و میتوانید توالیها و تطابقها را تجزیه و تحلیل کنید، ساختار پروتئین را بررسی کنید، جیبها و لیگاندها و داروها را مورد مطالعه قرار دهید، سطوح را ایجاد کنید، الکترواستاتیکها را محاسبه کنید، جایگاههای اتصال لیگاند را پیشبینی کنید، تعاملات پروتئین-پروتئین را پیشبینی کنید، داکینگ مولکولهای کوچک و پروتئین-پروتئین را انجام دهید و لیگاندها را با استفاده از ویرایشگر تعاملی لیگاند طراحی کنید.
از ویژگیهای نرمافزار ICM-Pro میتوان به تجزیه و تحلیل ساختار پروتئین ICM-Pro اشاره کرد. ارتباط مستقیمی با پایگاه داده پروتئین (PDB) دارد. با دانلود یک ساختار، میتوانید ساختار را تجزیه و تحلیل کنید، نمودارهای Ramachandran را ایجاد کنید، ساختارهای چندگانه را همنشان کنید، فواصل و زوایا را تجزیه و تحلیل کنید، مساحتهای تماس و سطحی را محاسبه کنید، پیوندهای هیدروژنی را نمایش دهید، سطوح الکترواستاتیکی را ایجاد کنید و جیبهای اتصال لیگاند را محاسبه کنید.
ICM Pocket Finder این روش جیبهای اتصال لیگاند در هر ساختار پروتئین، DNA یا RNA را شناسایی میکند. جایگاههای اتصال پروتئین-لیگاند بر اساس نقشه پتانسیل شبکه تعامل ون در واکنشگر شناسایی میشوند و سطوح محاسباتی آنها محاسبه میشود.
قابلیتهای ICM-Pro
ویژگیهای مهم نرمافزار ICM-Pro عبارتند از:
- تحلیل ساختار پروتئین: امکان دسترسی مستقیم به پایگاه داده Protein Data Bank (PDB) و تحلیل ساختار پروتئینها از جمله ایجاد نمودارهای Ramachandran، ترکیب چندین ساختار، محاسبه فواصل و زوایا، محاسبه سطح تماس و سطوح، نمایش پیوندهای هیدروژنی، ایجاد سطوح الکترواستاتیک و محاسبه جیبهای اتصال لیگاند.
- ICM Pocket Finder: این ابزار جیبهای اتصال لیگاند در هر ساختار پروتئین، DNA یا RNA را شناسایی میکند و امکان محاسبه ویژگیهای فیزیکی جیبها و ارزیابی امتیاز شباهت با داروها را فراهم میکند.
- ICM 3D Interactive Editor: این ویرایشگر تعاملی به کاربر امکان میدهد تا مولکولهای شیمیایی را داخل جیب پروتئین ویرایش کرده و تأثیر تغییرات بر انرژی و امتیاز اتصال لیگاند را ببیند.
- ابزارهای تحلیلی بلورنگاری: این ابزارها به کاربر امکان مطالعه جزئیات بلورنگاری پروتئین را میدهد، از جمله تعیین واحد بیولوژیکی کامل یک پروتئین و تجزیه و تحلیل چگالی الکترون برای درک بهتر ساختار.
- داکینگ مولکولهای کوچک: این ابزار امکان داکینگ سریع و دقیق مولکولهای کوچک به پروتئین را فراهم میکند و شامل روشهایی برای مدلسازی تغییرات تحریکی در ساختار پروتئین (Induced Fit) نیز میشود.
- داکینگ پروتئین-پروتئین: این ابزار الگوریتمی مؤثر برای داکینگ پروتئین-پروتئین دارد که با موفقیت در مسابقات جهانی CAPRI عمل کرده است و همچنین الگوریتمی برای پیشبینی سایتهای تعامل پروتئین-پروتئین را نیز شامل میشود.
- مدلسازی PROTAC: این ابزار بهطور خودکار و دقیق مدلسازی مولکولهای پروتئین مورد هدف (target protein) و لیگاندهای PROTAC و لیگاز را انجام میدهد.
- پیشبینی ساختار پروتئین: ICM-Pro دارای رکورد خوبی در مدلسازی پروتئین است و قابلیتهایی برای بهبود ساختار پروتئین مانند تجدید یا ساختاردهی مجدد اجزای پروتئین، تعادل انرژی، و شبیهسازی تاشوپشتهای کوچک نیز دارد.
- پیشبینی اثر متحولات: این ابزار امکان پیشبینی اثر متحولات بر پایداری پروتئین و اتصال پروتئین-پروتئین، پروتئین-پپتید، و پروتئین-لیگاند را فراهم میکند.
- ابزارهای بیوانفورماتیک: بسته ICM-Pro شامل همه ابزارهای بیوانفورماتیک ICM-Bio است که امکان جستجو در پایگاه دادههای توالی با الگوریتمهای تطبیق توالی جفتی و چندتایی با کیفیت بالا و انجام جستجوهای الگو، prosite و profile را فراهم میکند.
- الکترواستاتیک: این ابزار قادر به حل معادله پواسون برای مولکولهایی با هر اندازهای است و پتانسیل الکترواستاتیک دقیق یک مولکول را با استفاده از الگوریتم مرز المانی محاسبه میکند.
- ابزارهای شیمی: مجموعهای متنوع از ابزارهای شیمی که شامل ویرایشگر مولکولی ICM و نمایش در صفحهکار شیمیایی میشود.
- گرافیک مولکولی: ICM-Pro حاوی تمام ابزارهای گرافیکی ICM-Browser-Pro است که شامل تنظیم نمایش مولکولها به صورت سیم، CPK، خط و گره، ریبون، سطح دسترسی، سطح مولکولی شفاف، ویژگیهای سه بعدی، نمایش روبرویی و سهبعدی، و استریوآناگلیف است.
برای مشاهده اطلاعات کامل نرم افزار ICM-Pro جهت محاسبات داکینگ ساختار پروتئینی اینجا مراجعه کنید.
در ادامه عکس هایی از محیط نرم افزار ICM-Proنشان خواهیم داد.
مطالب مرتبط
برچسب ها : buy ICM-Pro, DNA, download ICM-Pro, Genetic, ICM-Pro, ICM-Pro 2023, ICM-Pro 2024, ICM-Pro latest version, MolSoft, MolSoft ICM, MolSoft ICM 3.9.4, MolSoft ICM linux, MolSoft ICM-Pro, PDB, Protein Data Bank, purchase ICM-Pro, Ramachandran, RNA, آموزش ICM-Pro, پروتئین, خرید ICM-Pro, دارو شیمیایی, دانلود ICM-Pro, دانلود نرم افزار MolSoft ICM, ژنتیک, ساختار پروتئینی, کرک ICM-Pro, لایسنس ICM-Pro, لیگاند, لیگاندی, محاسبات داکینگ, نرم افزار ICM-Pro
دیدگاهتان را بنویسید
نشانی ایمیل منتشر نخواهد شد
مطالب جدید
- نرم افزار Topcon Office 2024 مدلسازی رقومی زمین
- نرم افزار VPStudio v18.1 2024 تبدیل تصاویر رستر به وکتور
- نرم افزار RealGUIDE Z3D v5.4 2024 جراحی و کاشت ایمپلنت
- نرم افزار SDS2 2024 طراحی سازههای فولادی
- نرم افزار Schlumberger VISAGE 2024 بهینهسازی مخازن نفت و گاز
- نرم افزار LiDAR Survey Studio 3.4.3 2024 پردازش دادههای LiDAR
- نرم افزار MiTS2 v2.10 2024 طراحی زیرساختهای حمل و نقل
- نرم افزار Aarhus SPIA 2024 تحلیل دادههای ژئوالکتریک و ژئوفیزیک
- نرمافزار ELEK Cable High Voltage v7 2024 آنالیز کابلهای ولتاژ بالا
- نرم افزار HYPACK 2024 پردازش دادههای هیدروگرافی
مطالب پربازدید
مطالب تصادفی
- دانلود سورس پروژه بارکد به زبان Matlab
- دانلود هندبوک Ultrasonic Methods for Materials and Structure Inspection
- دانلود نرم افزار KissSoft
- نرم افزار Simpleware ScanIP پردازش و تحلیل تصاویر پزشکی و مهندسی
- نرم افزار SSI ShipConstructor 2025 طراحی کشتی و کشتیسازی
- نرم افزار Altair HyperWorks Suite
- مجموعه نرم افزارهای شرکت Schlumberger
- پرس های فرآیند لوح زنی دقیق
- دانلود Rad Studio XE4
- دانلود هندبوک Liquid Filtration 2nd Edition